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MetaGenoPolis (MGP)
Plateforme technologique
MetaGenoPolis (MGP) est un centre INRAE expert en recherche sur le microbiote intestinal appliquée à la santé et à la nutrition humaine et animale. Pour explorer le lien entre le microbiote, la nutrition et la santé, MGP dispose de plateformes technologiques innovantes accompagnées d'un centre éthique UCLy (Université Catholique de Lyon). MGP offre des services d'analyse du microbiote de bout en bout, comprenant le biobanking, l'extraction d'ADN, la préparation de bibliothèques, le séquençage shotgun, la métagénomique quantitative et fonctionnelle, de grandes installations de stockage et de calcul de données, la bioinformatique, l'analyse statistique et l'interprétation des données. L'une des ambitions du MGP est de créer, via le projet Le French Gut de contribution nationale citoyenne, une base de données des microbiotes intestinaux de 100 000 individus français, dont l'un des objectifs sera de cartographier et mieux comprendre l'hétérogénéité du microbiote intestinal des Français en bonne santé et sa déviation dans les maladie chroniques. Certifiés ISO 9001, les protocoles et procédures sont constamment maintenus à la pointe de la technologie. MGP vise également à développer davantage de partenariats industriels et la création de start-ups pour accélérer la science du microbiote et l'innovation en matière de santé et de nutrition.
Thématiques d'innovation
Domaine de Vilvert
MICALIS, INRAE, centre de Jouy-en-Josas
78350 JOUY-EN-JOSAS
Technologies utilisées
- métagénomique quantitative et fonctionnelle- logiciel pour traitement primaire de données de séquençage
- Logiciel R pour analyser les profils microbiens
- cluster de calcul 1000 coeurs
- biobanque (stockage de 600 000 échantillons, label centre de ressources biologiques)
Mots clés
- microbiote
- métagénomique
- shotgun
- bioinformatique
- data
- biobanque
- extraction d'ADN
- séquençage NGS
- analyses
- modélisations
- construction de banques génomiques et omiques
- criblage haut-débit
- FACS
- imagerie cellulaire haut-débit
- métagénomique fonctionnelle
- métagénomique quantitative
- bactéries
- cellules
Equipements spécifiques
| Nom | Modèle | Marque |
|---|---|---|
| 1 automate d'extraction d'ADN | QIASymphony/ | QIAGEN |
| 2 automates pour la préparation des échantillons et la quantification | Biomek 4000/ | Beckman Coulter |
| 2 robots de pipetage pour cellules eucaryotes, 2 robots de pipetage pour bactéries | Microlab STAR et Microlab STARplus/ | Hamilton |
| 20 caméras d'observation avec micros | Ion Chef System/ | Thermo Fischer |
| Appareil d'électrophorèse en champ pulsé | CHEF-DRIII/ | BioRad |
| Biobanque automatisée | BioStore II/ | Brooks |
| Cytomètre en flux trieur de cellules | FACSAria III/ | BD Biosciences |
| Microscope automatisé HCS + incubateur automatisé + bras robotisé | Microscope : ImageXpress Micro confocal, incubateur : CYTOMAT 2C-LIN, bras robotisé : SPINNAKER/ | |
| Piqueur de colonies pour production de banques | QPix 450/ | Molecular Devices |
Lien vers les équipements
Offres de formations
Etablissements de rattachement
Département(s) de recherche
- SDV (Sciences de la vie)
Certifications
- AFNOR ISO 9001
Réseaux
- GENOPS (Réseau des plateformes de GENOmique Paris-Saclay)
Écoles doctorales
BiospheraFOCUS PLATEFORME : Le microbiote intestinal, un acteur insoupçonné dans l'infection COVID-19 ?
FOCUS PLATEFORME : Une collaboration fructueuse entre Danone Nutricia Research et la plateforme MetaGenoPolis : Vers des recommandations nutritionnelles basées sur l'analyse du microbiote intestinal ?