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Qualité de vie - Santé - Aliments
IPSIT / Plateforme d'Analyse Transcriptomique et Génomique (ACTAGen)
Plateforme technologique
La plateforme ACTAGen, située sur le campus de Pharmacie de l'Université Paris-Saclay, fait partie du réseau des Plateformes de GENOmique Paris-Saclay (GENOPS). Elle est l'une des 11 plateformes technologiques qui composent l'Unité Mixte de Service UMS-IPSIT (Ingénierie et Plateformes au Service de l'Innovation Thérapeutique).
Nous offrons notre expertise aux différents acteurs de la recherche, de l'Université Paris-Saclay ou de laboratoires extérieurs, de statut public ou privé. Nous effectuons l'analyse qualitative et quantitative du transcriptome sur microarrays, et la mesure d'expression de gènes choisis par PCR quantitative en temps réel, à partir de cellules et tissus d'origine variée. Le traitement statistique et bioinformatique des données est réalisé avec la plateforme IPSIT/BIOINFO. Nos activités contribuent à la compréhension de mécanismes physio-pathologiques, à l'identification de cibles thérapeutiques et de biomarqueurs, ou encore à l'évaluation de l'activité biologique de formulations de principes actifs, intéressant les secteurs académique et industriel.
Via le réseau GENOPS nous implémentons sur la plateforme les technologies suivantes : i) Le séquençage du transcriptome (RNA-SEQ) et de régions génomiques (DNA-SEQ), en partenariat avec la plateforme de séquençage NGS de l'I2BC (CNRS, Gif-sur-Yvette), ii) La quantification par PCR digitale (Droplet Digital PCR, ddPCR) de l'expression de gènes dans des échantillons extrêmes (faible quantité et/ou qualité), en partenariat avec la plateforme de microgénomique @BRIDGe (INRA, Jouy-en-Josas).
Thématiques d'innovation
Laboratoire de rattachement
17 Avenue des Sciences
IPSIT, Faculté de Pharmacie
91400 ORSAY
Technologies utilisées
Extraction et contrôle qualité d'acides nucléiques :- Préparation d'extraits ARN ou ADN
- Qualification des extraits (pureté, intégrité, concentration) par spectrophotométrie d'absorbance, fluorimétrie, électrophorèse microfluidique
Analyse globale du transcriptome :
- Technologie microarrays d'expression Agilent (puces catalogue ou développement de microarray à façon)
- Préparation de librairies pour séquençage Illumina (séquençage sur une plateforme du réseau GENOPS ? analyse des données en interne)
Analyse d'expression transcriptionnelle de gènes choisis :
- PCR quantitative en temps réel (formats 96 et 384 puits, automate de pipetage)
- PCR digitale (en collaboration avec une plateforme du réseau GENOPS)
Analyse de variations de séquence et de modifications épigénétiques de l'ADN :
- Détection de polymorphismes et quantification de méthylation par analyse de courbes de fusion de l'ADN (High Resolution Melt, HRM)
- Préparation de librairies pour DNA-SEQ Illumina
- Génotypage d'animaux OGM : PCR et électrophorèse des amplicons sur automate
- Caractérisation de la thermostabilité de protéines, et d'interactions protéine-ligand :
- Analyse du shift de fluorescence (Thermal Shift Assay, TSA).
Mots clés
- transcriptome
- transcrit
- génome
- gène
- expression
- allèle
- variant
- méthylation
- échantillon
- acide nucléique
- contrôle qualité
- microarray
- PCR quantitative
- séquençage
- shift thermique de fluorescence
- bioinformatique
- voie biologique
- biomarqueur
Equipements spécifiques
| Nom | Modèle | Marque |
|---|---|---|
| Automate de pipetage | EpMotion 5073M/ | Eppendorf |
| Automate d'électrophorèse | QIAxcel/ | Qiagen |
| Automate d'électrophorèse microfluidique | Bioanalyzer 2100/ | Agilent |
| Centrifugeuse Agilent | étuve hybridation G2545A - scanner G2505C/ | Agilent |
| Scanner pour lames | 428 Array scanner/ | Affymetrix |
| Spectrophotomètre UV-visible | NanoDrop ND 2000 et Biomate 3/ | Thermo Scientific |
| Spectrophotomètre-spectrofluorimètre | Xenius 96 puits/ | Safas |
| Thermocycleur conventionnel | TC-512/ | Techne |
| Thermocycleurs pour qPCR en temps réel | CFX96 et CFX384/ | Bio-Rad |
Offres de prestations
- Analyse globale du transcriptome
- Analyse d'expression transcriptionnelle de gènes choisis
- Analyse de variations de séquence et de modifications épigénétiques de l'ADN
- Caractérisation de la thermostabilité de protéines, et d'interactions protéine-ligand
Offres de formations
- Participation à l'Ecole Doctorale 569 « Innovation Thérapeutique, du fondamental à l'appliqué » (UPS, UFR de Pharmacie, Châtenay-Malabry)
- Participation au Master 2 « Biotechnologie Pharmaceutique et thérapies innovantes » (UPS, UFR de Pharmacie, Châtenay-Malabry)
- Participation au Master 2 « NanoSaclay - module Micro et Nanobiosciences » (UPS, Centre de Nanosciences et de Nanotechnologies, Palaiseau)
- Participation à la Licence 3 Professionnelle « Bio-industries et Biotechnologies » (UPS, UFR des Sciences, Orsay)
Département(s) de recherche
- SDV (Sciences de la vie)
Liens PIA
- LabEx LERMIT
Réseaux
- GENOPS (Réseau des plateformes de GENOmique Paris-Saclay)