• Ingénierie des systèmes complexes et logiciels
  • Numérique
  • Qualité de vie - Santé - Aliments

Mathématiques et Informatique appliquées, du génome à l'environnement

Unité de recherche UPR 1404

Description

L'unité de recherche MaIAGE regroupe des mathématiciens, des informaticiens, des bioinformaticiens et des biologistes autour de questions de biologie et agro-écologie, allant de l'échelle moléculaire à l'échelle du paysage en passant par l'étude de l'individu, de populations ou d'écosystèmes. L'unité développe des méthodes mathématiques et informatiques motivées par des problèmes biologiques précis. Elle s'implique aussi dans la mise à disposition de bases de données et de logiciels permettant aux biologistes d'utiliser les outils dans de bonnes conditions ou d'exploiter automatiquement la littérature scientifique.
L'inférence statistique et la modélisation dynamique sont des compétences fortes de l'unité, auxquelles s'ajoutent la bioinformatique, la biologie des systèmes, l'algorithmique et l’intelligence artificielle. Les activités de recherche et d'ingénierie s'appuient également sur une forte implication dans les disciplines destinatrices : écologie, environnement et biologie moléculaire.

Positionnement industriel : MaIAGE apporte une expertise aux entreprises confrontées à des données biologiques ou environnementales complexes : biotechnologies, agriculture, santé, environnement, agro-industries, entreprises de logiciels scientifiques. L’unité contribue à résoudre des problématiques de modélisation, d’analyse de données à grande échelle, de prévision ou d’aide à la décision.

Valeur ajoutée : L’unité offre un savoir-faire en modélisation dynamique, en inférence statistique, en bioinformatique et en extraction automatique d’information. Ses équipes conçoivent des méthodes innovantes, des outils logiciels et des plateformes techniques permettant de transformer des données complexes en connaissances actionnables, au service de la recherche publique comme des partenaires socio-économiques.

Contacts

  • Mme Béatrice LAROCHE

http://maiage.inrae.fr/

Mathématiques et Informatique appliquées, du génome à l'environnement

Thématiques d'innovation

Plan et accès

Domaine de Vilvert
78352 JOUY EN JOSAS

Nos domaines de recherche

Expertises

- bioinformatique et statistique pour les données « omiques »
- biologie des systèmes
- modèles dynamiques et statistiques pour les sciences de la vie et de l'environnement
- acquisition et formalisation de connaissances à partir de texte

Secteurs d'applications

  • Informatique
  • Biotechnologies
  • Santé / Bien-être
  • Agroalimentaire
  • Agriculture
  • Recherche / Science
  • Environnement

Effectif total

Effectif total : 79
Nombre de chercheurs : 24
Nombre de doctorants : 13

Equipements ouverts à la collaboration

Plateforme de bioinformatique MIGALE
L’unité héberge la plateforme de bioinformatique Migale. Cette Infrastructure Scientifique Collective s’inscrit dans le réseau national des plateformes de bioinformatique regroupées au sein de l’Institut Français de Bioinformatique, et fait partie de BioinfOmics, l’Infrastructure de Recherche INRAE en bioinformatique.
http://migale.inrae.fr/

Mots clés

Nos résultats

Offre de valorisation

Logiciels :
- Alvis AE : éditeur d'annotation en ligne permettant de visualiser et d'annoter les entités et les relations d'un texte.
- CaliFloPP : logiciel de calcul des flux de particules entre paires de polygones.
- FILTREX : Logiciel Matlab pour l'identification, l'inférence statistique et l'échantillonnage temporel optimal de modèles en microbiologie prévisionnelle par filtrage particulaire.
...
http://maiage.jouy.inra.fr/?q=fr/tous_nos_logiciels

Services web :
- cocitations : service en ligne équipé d'une base de données indexant les phrases issues des références PubMed et mentionnant au moins deux noms de gènes
- CompaGB : application web qui permet d'évaluer et de comparer les Genomes Browsers sous forme de tableaux ou de graphiques radar
- DOMIRE : serveur utilisant le programme VAST ( comparaison des structures 3D des protéines, téléchargeable librement) pour définir les limites des domaines structuraux dans les protéines à partir de leurs coordonnées atomiques
- FROST : outil de reconnaissance de repliements d'une protéine à partir de sa séquence en amino acides
...
http://maiage.jouy.inra.fr/?q=fr/services-en-ligne

Bases de données :
- FUNYBASE : base de données dédiée à l'analyse et à la classification des protéines homologues extraites des génomes complets fongiques
- MICADO : base de données relationnelle dédiée aux génomes microbiens
- MOSAIC : base de données relationnelle qui permet de comparer des génomes bactériens d'une même espèce et de définir le squelette et les boucles
...
http://maiage.jouy.inra.fr/?q=fr/bd

Ontologies et Corpus :
- ontologie WheatPhenotype : décrit les traits du blé tendre (Triticum aestivum) et les facteurs environnementaux qui affectent ces traits
- ontologie OntoBiotope : décrit tous les types d'habitats de microorganismes
- corpus LLL : permet de comparer et d'évaluer les performances de systèmes d'Extraction d'Information pour l'identification d'interactions géniques et des gènes et des protéines qui interagissent
- corpus BI : permet l'extraction d'événements complexes d'interactions biologiques à partir de références Pubmed
http://maiage.jouy.inra.fr/?q=fr/ontologies-corpus

Exemple(s) de travaux

Voir les projets en cours : https://maiage.inrae.fr/contrats-projets

Publications

https://hal.inrae.fr/MAIAGE

Relations industrielles et scientifiques

Collaborations scientifiques

• Au niveau national avec Inria, Sorbonne Université, l’Université Paris-Saclay, l’École polytechnique, AgroParisTech, le CNRS, le département MathNum d’INRAE ;
• En Europe avec l’Université de Ghent, University of Edinburgh, University of Vienna, University of Torino, University of Bologna, University of Szeged ;
• À l’international avec le Japon, la Chine, les États-Unis et l’Amérique du Sud.

Écosystème

Etablissements de rattachement

INRAE
Université Paris-Saclay

Département(s) de recherche

  • Mathématiques
  • SDV (Sciences de la vie)
  • STIC (Sciences et technologie de l'information et de la communication)