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GENOSCOPE / Plate-forme MicroScope - Annotation et analyses comparatives de génomes microbiens - Genopole

Plateforme technologique

Description

MicroScope est une plate-forme Web dédiée à l'annotation et à l'exploration des fonctions des gènes microbiensgrâce à des analyses comparatives génomiques, pangénomiques et métaboliques. La plateforme prend en charge l'intégration de génomes et de métagénomes nouvellement assemblés et fournit également des services d'analyse de données de séquençage à haut débit pour la transcriptomique et la recherche de variants.L'interface utilisateur de MicroScope permet un travail collaboratif au sein d'un contexte comparatif riche afin d'améliorer l'effort de curation par la communauté.

Contacts

  • M. Julien PICOT
  • M. David VALLENET
  • Mme Alexandra CALTEAU

Thématiques d'innovation

Laboratoire de rattachement

Plan et accès

2, rue Gaston Crémieux
CEA Paris-Saclay, site d'Evry, GENOSCOPE / Génomique métabolique du Génoscope, UMR 8030
91000 ÉVRY

Equipements et technologies

Equipements spécifiques

Nom Modèle Marque
Analyse de données de transcriptomique.
Annotation de génomes microbiens (génomes et metagénomes assemblés).
Assistance technique.
Formations à l'annotation de génomes procaryotes et à la curation de réseaux métaboliques.
Génomique comparative et pangénomique.
Prédiction de fonctions et de processus biologiques.
QTOF
Recherche de variants dans des souches évoluées.

Prestations & formations

Offres de prestations

La plateforme MicroScope offre un service d'annotation de génomes et métagénomes nouvellement assemblés ainsi que l'analyse de données transcriptomiques.
https://mage.genoscope.cns.fr/microscope/about/services.php

Offres de formations

Le LABGeM propose aux utilisateurs de la plateforme MicroScope des formations régulières organisées en collaboration avec l'université d'Evry :

- "Annotation et analyse des génomes procaryotes à l'aide de la plateforme MicroScope" : cette formation de 4,5 jours a pour objectif de présenter les fonctionnalités de la plateforme Microscope aux nouveaux utilisateurs.
- "Plateforme MicroScope - Cours avancé" : cette formation de 2 jours vise à présenter les derniers développements de la plate-forme MicroScope aux utilisateurs ayant déjà suivi une formation il y a quelques années.

Pour plus d'informations ou s'inscrire:
https://labgem.genoscope.cns.fr/professional-trainings/microscope-professional-trainings/" " target=""_blank"">https://labgem.genoscope.cns.fr/professional-trainings/microscope-professional-trainings/

Écosystème

Etablissements de rattachement

CEA

Département(s) de recherche

  • SDV (Sciences de la vie)

Certifications

  • ISO 9001:2015
  • NFX 50-900 :2016

Écoles doctorales

Life Sciences and Health

Actualités