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Energie, Ecologie, Environnement
GENOSCOPE / Plate-forme de Séquençage - Genopole
Plateforme technologique
Le Genoscope s'est orienté vers l'étude de la biodiversité, à travers le séquençage de novo de grands génomes complets, de metagénomes complexes et plus généralement de collections d'ADN nécessitant une approche de séquençage à très grande échelle.
L'équipe du laboratoire de séquençage s'implique dans la prise en main des projets à partir de la réception des échantillons jusqu'à la validation des séquences brutes. Le séquençage est assuré par des séquenceurs très haut débit de deuxième génération. Ces machines permettent d'atteindre un débit autorisant le séquençage de génomes entiers dans un intervalle de temps limité.
Thématiques d'innovation
Laboratoire de rattachement
2, rue Gaston Crémieux
CEA Paris-Saclay, site d'Evry, GENOSCOPE / Génomique métabolique du Génoscope, UMR 8030
91057 ÉVRY
Technologies utilisées
Séquençage de l'ADN et de l'ARNMots clés
- séquençage
- ADN
- ARN
- longues lectures
- séquençage de novo
- amplicons
- génome
- transcriptome
- métagénome
- métatranscriptome
- métabarcoding
Equipements spécifiques
| Nom | Modèle | Marque |
|---|---|---|
| 1 analyseur automatisé (cartographie optique) | Saphyr/ | Bionano Genomics |
| 1 isolateur de transport de rongeurs axéniques | FxP/ | Beckman Coulter |
| 1 robot de pipetage de paillasse | Pipetting robot, Pipetmax 268/ | Brand, Gilson |
| 1 Système PCR en temps réel | qPCR/ | Agilent |
| 2 fragmenteurs d'ADN | E220, Megaruptor/ | Covaris, Diagenode |
| 2 lecteurs fluorimétriques de microplaques | Fluoroskan/ | Thermo Scientific |
| 2 robots à 8 aiguilles | Evo 100/ | Tecan |
| 2 robots avec têtes 96 et 8 canaux | FxP, Evo 100/ | Beckman Coulter |
| 5 Analyseurs de fragments d'ADN | 1 Labchip GX, 1 LabChip GX Touch, 3 Bioanalyzer 2100/ | Perkin Elmer, Agilent |
| Séquenceurs ADN / ARN | 1 NovaSeq 6000 / 1 MGI DNBSEQ-G400 / 2 MiSeq / 1 PromethION / 1 GridION / 1 MinION Mk1C / 6 MinION / 1 3730xl/ | Illumina, Oxford Nanopore Technologies, Applied Biosystems, BGI |
Offres de formations
Département(s) de recherche
- SDV (Sciences de la vie)
Réseaux
- GENOPS (Réseau des plateformes de GENOmique Paris-Saclay)