• Qualité de vie - Santé - Aliments

IDMIT / Equipe d'informatique et bioinformatique (IBI)

Plateforme technologique

Description

Au sein du département IDMIT de l'institut François Jacob, l'équipe IBI développe et maintient depuis 2012 un logiciel de gestion de données de laboratoire (LIMS) nommé BATLab.
Grâce à sa situation et aux interactions quotidiennes avec les acteurs de l'immunologie, il est devenu la clé de voute de l'organisation d'IDMIT.
Les nombreux projets de nos différents laboratoires y sont planifiés des mois à l'avance pour gérer et optimiser le calendrier de nos plateformes, tout en gardant une grande flexibilité pour s'adapter aux besoins de dernière minute, dont le récent COVID-19.
La gestion de nos animaleries primates (A1, A2, A3, A3 aéro) y est également essentielle, et la préoccupation du bien-être animal (AAALAC) est omniprésente.
Notre activité repose également sur une gestion critique de notre centre de ressources biologiques (CRB) et nos stocks de réactifs, anticorps, médicaments, (...) ou autre pathogènes. Les Micro-Organismes et Toxines (MOT) et les études s'y rapportant y sont par ailleurs gérés avec une attention particulière qui a pleinement satisfait l'ANSM.
Les résultats d'expérience des différentes plateformes (cytométrie, multiplex, charges virales, nfs ?) y sont hébergés et visualisés ? comme le reste des informations du LIMS ? à l'aide du logiciel de visualisation de données Tableau Software.
En fin de pipeline, BATLab gère finalement certains aspects de facturation et d'unités d'?uvre, dont les couts d'hébergement des animaux pour les différents projets.

Contacts

  • M. Roger LE GRAND
  • M. Frédéric DUCANCEL
  • M. Brice TARGAT

Thématiques d'innovation

Laboratoire de rattachement

Plan et accès

18, route du Panorama
CEA Paris-Saclay, site de Fontenay-aux-Roses, IDMIT
92265 FONTENAY-AUX-ROSES

Equipements et technologies

Technologies utilisées

Bioinformatique : Langage R (CytoCompare, SpadeVizR), CytoBank, SPADE
Développement LIMS : Apache, PHP, MySQL, HTML5, JQuery, Bootstrap4
Outils : Git, GitLab, Asana, Slack
Visualisation de données : Tableau Software

Mots clés

Equipements spécifiques

Nom Modèle Marque
Stations de travail (4) Precision 7910 Precision 7910 (80 Go de RAM)/ DELL
Stations de travail (4) Precision 7920 Precision 7920 (128 Go de RAM, carte graphique Nvidia RTX2080)/ DELL

Prestations & formations

Offres de prestations

Présentation, installation et formation aux outils développés, intégration de notre LIMS dans vos laboratoires, analyse de données de grandes dimensions (cytométrie, génomique)

Offres de formations

Ouvert à la formation.

Écosystème

Département(s) de recherche

  • SDV (Sciences de la vie)

Certifications

  • ISO 9001:2015

Labellisations

  • IBISA

Écoles doctorales

Life Sciences and Health

Actualités