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Energie, Ecologie, Environnement
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Ingénierie des systèmes complexes et logiciels
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Numérique
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Qualité de vie - Santé - Aliments
Mathématiques et Informatique appliquées, du génome à l'environnement (MaIAGE)
Unité de recherche UPR 1404
L'unité de recherche MaIAGE regroupe des mathématiciens, des informaticiens, des bioinformaticiens et des biologistes autour de questions de biologie et agro-écologie, allant de l'échelle moléculaire à l'échelle du paysage en passant par l'étude de l'individu, de populations ou d'écosystèmes. L'unité développe des méthodes mathématiques et informatiques motivées par des problèmes biologiques précis. Elle s'implique aussi dans la mise à disposition de bases de données et de logiciels permettant aux biologistes d'utiliser les outils dans de bonnes conditions ou d'exploiter automatiquement la littérature scientifique.
L'inférence statistique et la modélisation dynamique sont des compétences fortes de l'unité, auxquelles s'ajoutent la bioinformatique, l'automatique et l'algorithmique. Les activités de recherche et d'ingénierie s'appuient également sur une forte implication dans les disciplines destinatrices : écologie, environnement, biologie moléculaire et biologie des systèmes.
Thématiques d'innovation
- Energie, Ecologie, Environnement
- Numérique
- Ingénierie des systèmes complexes et logiciels
- Conception logiciel, big-data, cloud, calculs haute performance
- Modélisation et simulation
- Qualité de vie - Santé - Aliments
- Modélisation numérique, visualisation de donnée, Interaction Homme - Machine
- Climat (observation - surveillance), gestion environnement, éco système
- Technologies thérapeutiques (Médicaments, génétique, biomarqueurs, biomolécules...)
- Santé et alimentation animale
- Qualité et sécurité sanitaire, alimentaire
- Logiciel libre, web
Domaine de Vilvert
78352 JOUY EN JOSAS
Expertises
- biologie des systèmes
- modèles dynamiques et statistiques pour les sciences de la vie et de l'environnement
- acquisition et formalisation de connaissances à partir de texte
Effectif total
Nombre de chercheurs : 22
Nombre de doctorants : 14
Equipements ouverts à la collaboration
- plateforme de bioinformatique MIGALE http://migale.jouy.inra.fr/
Mots clés
Offre de valorisation
- Alvis AE : éditeur d'annotation en ligne permettant de visualiser et d'annoter les entités et les relations d'un texte.
- CaliFloPP : logiciel de calcul des flux de particules entre paires de polygones.
- FILTREX : Logiciel Matlab pour l'identification, l'inférence statistique et l'échantillonnage temporel optimal de modèles en microbiologie prévisionnelle par filtrage particulaire.
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http://maiage.jouy.inra.fr/?q=fr/tous_nos_logiciels
Services web :
- cocitations : service en ligne équipé d'une base de données indexant les phrases issues des références PubMed et mentionnant au moins deux noms de gènes
- CompaGB : application web qui permet d'évaluer et de comparer les Genomes Browsers sous forme de tableaux ou de graphiques radar
- DOMIRE : serveur utilisant le programme VAST ( comparaison des structures 3D des protéines, téléchargeable librement) pour définir les limites des domaines structuraux dans les protéines à partir de leurs coordonnées atomiques
- FROST : outil de reconnaissance de repliements d'une protéine à partir de sa séquence en amino acides
...
http://maiage.jouy.inra.fr/?q=fr/services-en-ligne
Bases de données :
- FUNYBASE : base de données dédiée à l'analyse et à la classification des protéines homologues extraites des génomes complets fongiques
- MICADO : base de données relationnelle dédiée aux génomes microbiens
- MOSAIC : base de données relationnelle qui permet de comparer des génomes bactériens d'une même espèce et de définir le squelette et les boucles
...
http://maiage.jouy.inra.fr/?q=fr/bd
Ontologies et Corpus :
- ontologie WheatPhenotype : décrit les traits du blé tendre (Triticum aestivum) et les facteurs environnementaux qui affectent ces traits
- ontologie OntoBiotope : décrit tous les types d'habitats de microorganismes
- corpus LLL : permet de comparer et d'évaluer les performances de systèmes d'Extraction d'Information pour l'identification d'interactions géniques et des gènes et des protéines qui interagissent
- corpus BI : permet l'extraction d'événements complexes d'interactions biologiques à partir de références Pubmed
http://maiage.jouy.inra.fr/?q=fr/ontologies-corpus
Exemple(s) de travaux
- FP7 BaSysBio : biologie systémique autour de l'étude de la régulation globale de la transcription de gène dans une bactérie modèle : Bacillus subtilis
- BaSynthec : génome bactérien minimal synthétique pour la biotechnologie
- H2020 ITN List_maps
- ITN ProteinFactory
- ELIXIR
- H2020 OpenMinTed
Publications
Relations industrielles et scientifiques
Collaborations scientifiques
INRA (Jouy, Rennes, Dijon, Montpellier, Toulouse...), INRIA (Rennes, Sophie, Saclay), Universités (Paris-Saclay, Paris 6, ...), AgroParisTech, etc.
Etablissements de rattachement
Département(s) de recherche
- Mathématiques
- SDV (Sciences de la vie)
- STIC (Sciences et technologie de l'information et de la communication)