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UMS AMMICA / Plateforme de Génomique

Plateforme technologique

Description

La plateforme de Génomique fondamentale et translationnelle a pour mission la réalisation de techniques d'analyse moléculaire (génomique, transcriptomique ?). Elle est constituée de deux modules. Le premier, dirigé par Nathalie Droin (CR INSERM), est spécialisé dans les techniques à haut débit répondant principalement aux besoins de programmes de recherche académiques et industriels. Le module définit avec les utilisateurs le design expérimental et l'optimisation du projet, accompagne pour la préparation des échantillons et les contrôles qualité, met à disposition différents appareils (Nanodrop, Bioanalyseur, appareils de PCR-Q, Covaris S220), produit des microarrays Affymetrix (Gene Expression, Oncoscan et Cytoscan) et réalise le séquençage haut débit des échantillons (technologies Séquenceur Ion Torrent, NovaSeq6000, MiSeq, MiniSeq Illumina). La PF développe actuellement le Single Cell (CNV, scRNA-seq, gene expression par RT-qPCR) et le WGS (standard et après traitement bisulfite) pour l'étude de la méthylation. Le deuxième module, connu sous le nom de laboratoire BMO, dirigé par Ludovic Lacroix (praticien Gustave Roussy), est davantage orienté vers la recherche translationnelle et préclinique, notamment en support des programmes de médecine de précision et des essais cliniques impliquant Gustave Roussy. Le laboratoire maîtrise des techniques de CGH, PCR et NGS ainsi que d'expression génique et il développe la PCR digitale. Il utilise des échantillons tissulaires, préparés et qualifiés par la plateforme PETRA, et a développé les techniques nécessaires à l'étude de l'ADN tumoral circulant. Le laboratoire BMO est engagé dans une démarche qualité et est certifié ISO9001 depuis 2008 (dernier renouvellement en 2017).

Contacts

  • Mme Nathalie DROIN
  • M. Ludovic LACROIX

Thématiques d'innovation

Plan et accès

114, rue Edouard Vaillant
Institut Gustave Roussy, UMS AMMICA
94800 VILLEJUIF

Equipements et technologies

Technologies utilisées

génomique / séquençage

Mots clés

Equipements spécifiques

Nom Modèle Marque
PCR Quantitative
1 plateforme Affymetrix Life Technologies
2 Ion Chef - Séquenceur S5 Life Technologies
C1 Single Cell autoprep system - BioMark HD Fluidigm
Chromium Controller Single Cel 10X Genomics
Congélateurs -80°C LGC Genomics
Covaris S220 LGC Genomics
NovaSeq 6000 - MiSeq - MiniSeq Illumina
Robot Bravo Agilent Technologies
Robot SpriWorks Beckman Coulter

Prestations & formations

Offres de formations

Ouvert à la formation.

Écosystème

Département(s) de recherche

  • SDV (Sciences de la vie)

Certifications

  • AFNOR ISO 9001

Réseaux

  • GENOPS (Réseau des plateformes de GENOmique Paris-Saclay)

Écoles doctorales

Life Sciences and Health