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Qualité de vie - Santé - Aliments
IPSIT / Bioinfo
Plateforme technologique
La plateforme de bioinformatique de l’UMS IPSIT propose des prestations de services en bioinformatique et biostatistiques. Nous mettons l’accent sur le suivi des projets, la formation et l’autonomisation de nos utilisateurs. La création d’outils sous forme de package R accessible et portable permet de faciliter ce transfert de compétence.
Thématiques d'innovation
Laboratoire de rattachement
17 Avenue des Sciences
IPSIT, Faculté de Pharmacie
91400 ORSAY
Technologies utilisées
Outils de biostatistique et bioinformatique dédiés au traitement et à l'analyse de données biologiques et médicales.Mots clés
Equipements spécifiques
| Nom | Modèle | Marque |
|---|---|---|
| 2 postes dédiés à l'analyse et à la formation au traitement de données | DELL | |
| Accès au logiciel Ingenuity Pathway Analysis (IPA) | Qiagen |
Lien vers les équipements
Offres de prestations
- Prestation biostatistique : La prestation consiste en une analyse différentielle conforme au plan expérimental proposé par le porteur de projet. Typiquement, après contrôle des données, on applique sur les variables quantitatives à expliquer un modèle d'analyse de variance (ANOVA). Les variables pouvant provenir d'un jeu de données collectés à partir d'une technologie à haut-débit (Puces à ADN, NGS, spectrométrie de masse...). On obtient alors une matrice de résultats contenant pour chaque variable les p-values du modèle ANOVA et pour chaque comparaison d'intérêt entre les différents groupes de traitement, une p-value et un fold-change.
- Prestation analyse fonctionnelle : Une analyse fonctionnelle consiste le plus souvent à valoriser une liste d'entités (gènes, protéines) obtenue suite à l'analyse statistique d'un jeu de données provenant d'une technologie à haut débit. On parle aussi d'intégration de la liste à des bases de données biologiques permettant d'une part de faciliter l'interprétation et d'autre part de l'enrichir avec des informations nouvelles. La prestation consiste donc à utiliser des outils dédiés (IPA, StringDB) qui vont permettre d'exploiter les informations des bases des données biologiques les plus courantes (PubMed, Gene Ontology, UniProt, KEGG, REACTOME).
- Prestation analyse fonctionnelle : Une analyse fonctionnelle consiste le plus souvent à valoriser une liste d'entités (gènes, protéines) obtenue suite à l'analyse statistique d'un jeu de données provenant d'une technologie à haut débit. On parle aussi d'intégration de la liste à des bases de données biologiques permettant d'une part de faciliter l'interprétation et d'autre part de l'enrichir avec des informations nouvelles. La prestation consiste donc à utiliser des outils dédiés (IPA, StringDB) qui vont permettre d'exploiter les informations des bases des données biologiques les plus courantes (PubMed, Gene Ontology, UniProt, KEGG, REACTOME).
Etablissements de rattachement
Département(s) de recherche
- SDV (Sciences de la vie)
Réseaux
- GENOPS (Réseau des plateformes de GENOmique Paris-Saclay)
- SFBI (Société Française de Bioinformatique)