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I2BC / Plateforme de séquençage à haut débit
Plateforme technologique
La plateforme de Séquençage à haut débit a été créée en janvier 2010 et est accessible à tous les utilisateurs académiques et industriels. Elle prend en charge l'intégralité de la prestation, de la préparation des librairies et du séquençage jusqu'à l'analyse des données et réalise une grande variété de projets de génomique avec la technologie Illumina. Utilisant son nouveau séquenceur GridION, elle s'est fortement engagée depuis 2 ans, dans la technologie Nanopore pour le séquençage de molécules uniques d'ADN et d'ARN. Par ailleurs, elle s'est récemment équipée d'un Chromium de 10x Genomics permettant de réaliser des transcriptomes en cellule unique.Elle est membre de France Génomique, IBiSA, et du Réseau des plateformes de génomique de Paris-Saclay (GENOPS).
Thématiques d'innovation
Laboratoire de rattachement
Avenue de la Terrasse
2BC, campus CNRS Ile-de-France Sud - Gif-sur-Yvette, bâtiment 26
91198 GIF-SUR-YVETTE
Technologies utilisées
Séquençage Illlumina :- DNA-seq
- RNAseq
- small RNA-seq (miRNAs, small-RNA)
- single cell RNA-seq (scRNAseq)
Séquençage de très longues molécules avec la technologie nanopore (Oxford Nanopore Technologies) :
- séquençage d'ADN direct
- séquençage d'ARN direct
Bioinformatique : traitement des données provenant de séquençages Illumina et Nanopore
Mots clés
- NGS
- Illumina
- séquençage de troisième génération
- Oxford Nanopore Technology
- MinION
- GridION
- séquençage nanopore
- DNA-seq
- RNA-seq
- small-RNA-seq
- bioinformatique
- assemblage de génome
- mutations
- variants génomiques
- expression différentielle de gènes
- transcriptome cellule unique
Equipements spécifiques
| Nom | Modèle | Marque |
|---|---|---|
| 10x Genomics Chromium | Chromium Next GEM/ | 10X Genomics |
| Automate SPRIworks | SPRIworks/ | Beckman Coulter |
| Electrophorèse | Bioanalyzer/ | Agilent |
| Fluorimètre hautement sensible haut débit | Sonicator/ | Covaris |
| Fluorimètre Qubit | Qubit/ | Thermo Fisher Scientific |
| Séquenceur ADN et ARN GridION | GridION/ | Oxford Nanopore Technologies |
| Séquenceur ADN et ARN NextSeq | NextSeq 500 et NextSeq 550/ | Illumina |
Lien vers les équipements
Offres de prestations
- DNA-seq (assemblage de génome, recherche de mutations, variants génomiques)
- ChIP-seq, ATAC-seq, etc?
- RNA-seq, small RNA-seq (miRNAs, small-RNA)
- scRNA-seq (RNA-seq cellule unique à l'aide du Chromium de 10x Genomics)
SÉQUENCAGE NANOPORE (Oxford Nanopore Technologies) avec MinION ou GridION
- DNA-seq : banques de très long fragments pour séquençage de génomes de novo
- RNA-seq : banques de cDNA
- RNA-seq : banques pour séquençage d'ARN direct
- Protocoles personnalisés en fonction de besoins spécifiques
Séquenceurs :
- Séquenceurs Illumina : NextSeq 500, NextSeq 550, MiSeq
- Séquenceurs ONT (Oxford Nanopore Technologies) : MinION, GridION
ANALYSES BIOINFORMATIQUES
Séquençage Illumina
- Assemblage de génome de novo
- Re-séquençage de génome : recherche de SNP, indels, variants chromosomiques
- Expression différentielle de gènes
- ChIP-seq, ATAC-seq
Séquençage nanopore d'ADN direct (très longs fragments > 10 kb)
- Assemblage de génome de novo
- Re-séquençage de génome : recherche de SNP, indels, variants chromosomiques
- Détection de bases d'ADN méthylées (5mC, 6mA) par séquençage direct
- RNA-seq par séquençage de cDNA
- RNA-seq de cellule unique
Séquençage nanopore d'ARN direct
- RNA-seq (expression différentielle de gènes)
- identification d'isoformes d'ARN messagers (variants d'épissage)
- Détection de bases d'ARN méthylées (6mrA)
- Analyses personnalisées en fonction des demandes des utilisateurs
Offres de formations
Etablissements de rattachement
Département(s) de recherche
- SDV (Sciences de la vie)
Certifications
- ISO 9001:2015
- NFX 50-900 :2017
Labellisations
- IBISA
Réseaux
- GENOPS (Réseau des plateformes de GENOmique Paris-Saclay)
- FRANCE GENOMIQUE