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I2BC / Plateforme de séquençage à haut débit

Plateforme technologique

Génomique / Post génomique

Description

La plateforme de séquençage à haut débit de l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC, campus CNRS de Gif-sur-Yvette) collabore étroitement avec un grand nombre d’équipes de recherche du territoire Paris-Saclay et au-delà. Accessible à tous les utilisateurs académiques et industriels, son accompagnement couvre non seulement la mise en place de protocoles et technologies avancées en collaboration avec les équipes, mais aussi la réalisation de prestations de services de séquençage. Son expertise porte sur une grande variété de domaines en transcriptomique ou génomique avec les technologies Oxford Nanopore (lectures longues), Illumina (lectures courtes), ou 10X Genomics (cellule unique). Ses services, outre le conseil et l’accompagnement, couvrent toutes les étapes d’un projet de séquençage, de la préparation de librairies au séquençage mais aussi à l’analyse bioinformatique des données. Enfin, elle est membre de l’infrastructure nationale France Génomique, certifiée ISO 9001/NF X50-900, labellisée IBiSA, et participe au Réseau des plateformes de génomique de Paris-Saclay (GENOPS).

Contacts

https://www.i2bc.paris-saclay.fr/sequencing/

Thématiques d'innovation

Laboratoire de rattachement

Institut de biologie intégrative de la cellule (I2BC)

Plan et accès

Avenue de la Terrasse
2BC, campus CNRS Ile-de-France Sud - Gif-sur-Yvette, bâtiment 26
91198 GIF-SUR-YVETTE

Equipements et technologies

Technologies utilisées

Séquençage Illlumina :
- DNA-seq
- RNAseq
- small RNA-seq (miRNAs, small-RNA)
- single cell RNA-seq (scRNAseq)

Séquençage de très longues molécules avec la technologie nanopore (Oxford Nanopore Technologies) :
- séquençage d'ADN direct
- séquençage d'ARN direct

Bioinformatique : traitement des données provenant de séquençages Illumina et Nanopore

Mots clés

Equipements spécifiques

Nom	Modèle	Marque
Electrophorèse	Bioanalyzer	Agilent
Fluorimètre Qubit	Qubit	Thermo Fisher Scientific
Séquenceur ADN et ARN GridION	GridION	Oxford Nanopore Technologies
Séquenceur ADN et ARN NextSeq 550	NextSeq 550	Illumina
Séquenceur ADN et ARN NextSeq 2000	NextSeq 2000	Illumina
Séquenceur ADN et ARN PromethION 2 Solo	PromethION 2 Solo	Oxford Nanopore Technologies
10x Genomics Chromium	X	10x Genomics

Lien vers les équipements

https://www.i2bc.paris-saclay.fr/sequencing/ng-sequencing/addon-ng-sequencing/#equipements

Prestations & formations

Offres de prestations

PREPARATION DE LIBRAIRIES ILLUMINA :
- DNA-seq (assemblage de génome, recherche de mutations, variants génomiques)
- ChIP-seq, ATAC-seq, etc
- RNA-seq, small RNA-seq (miRNAs, small-RNA)
- scRNA-seq (RNA-seq cellule unique à l'aide du Chromium de 10x Genomics)

PREPARATION DE LIBRAIRIES NANOPORE (Oxford Nanopore Technologies)
- DNA-seq : banques de très long fragments pour séquençage de génomes de novo
- RNA-seq : banques de cDNA
- RNA-seq : banques pour séquençage d'ARN direct
- Protocoles personnalisés en fonction de besoins spécifiques

ANALYSES BIOINFORMATIQUES
Séquençage Illumina
- Assemblage de génome de novo
- Re-séquençage de génome : recherche de SNP, indels, variants chromosomiques
- Expression différentielle de gènes
- ChIP-seq, ATAC-seq

Séquençage nanopore d'ADN direct
- Assemblage de génome de novo
- Re-séquençage de génome : recherche de SNP, indels, variants chromosomiques
- Détection de bases d'ADN méthylées (5mC, 6mA) par séquençage direct
- RNA-seq par séquençage de cDNA
- RNA-seq de cellule unique

Séquençage nanopore d'ARN direct
- RNA-seq (expression différentielle de gènes)
- identification d'isoformes d'ARN messagers (variants d'épissage)
- Détection de bases d'ARN méthylées (6mrA)
- Analyses personnalisées en fonction des demandes des utilisateurs