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Energie, Ecologie, Environnement
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Qualité de vie - Santé - Aliments
I2BC / Département Microbiologie
Équipe de Recherche
Le département Microbiologie fait partie de l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC). Les différents groupes du département travaillent principalement sur ces trois thèmes :
- métabolisme microbien
- enveloppe des micro-organismes
- interactions des microbes avec leurs hôtes et l'environnement.
A travers ces thèmes, ce sont de nombreux organismes qui sont étudiés (bactéries, archées, virus), provenant de biotopes très divers (sols, eaux, environnements extrêmes, microbiomes humains, animaux, végétaux).
Les équipes sont particulièrement impliquées dans le développement d'applications économiques et sociétales (santé, environnement, bioénergies).
- M. Jean-Luc PERNODET
Thématiques d'innovation
Laboratoire de rattachement
Avenue de la Terrasse
Bâtiment 21
91190 GIF-SUR-YVETTE
Expertises
- endotoxines, structures et réponses de l'hôte
- biologie et biotechnologies des cyanobactéries (bio-carburants et détection de polluants métalliques)
- génomique et biodiversité microbienne des biofilms
- interactions plantes-bactéries : impact écologique des plantes génétiquement modifiées, lutte biologique?
- enzymologie et biosynthèse peptidique non ribosomale
- enveloppes bactériennes et antibiotiques
- biologie cellulaire des archées
- adaptation bactérienne aux changements environnementaux
- microbiologie moléculaire des actinomycètes
- infection génétique, évolution des pathogènes émergents
- ARNs régulateurs chez les Clostridies
- métabolisme énergétique des Streptomyces
Secteurs d'applications
- Biotechnologies
- Autre marché
- Energie
Effectif total
Nombre de chercheurs : 66
Equipements ouverts à la collaboration
- chambre anaérobie pour l'étude des archées
- plateforme Beads4Med : détermination directe du génotype des bactéries responsables de la tuberculose, salmonellose, légionellose
Mots clés
- Mycobacterium
- Corynebacterium
- membrane externe
- acides mycoliques
- endotoxines
- choc septique
- coqueluche
- immunologie
- vaccins
- infections bactériennes
- lipopolysaccharides
- cyanobactéries
- bio-carburants
- polluants métalliques
- biofilms
- environnement
- bactériophages
- métagénomique
- OGM
- biocontrôle
- symbiose
- rhizosphère
- antibiotique
- enveloppe bactérienne
- enzymes
- métabolisme bactérien
- peptides
- biosynthèse
- archées
- génomique
- bioinformatique
- biochimie
- photosynthèse
- oxygène
- stress métallique
- streptomyces
- sporulation
- tuberculose
- épidémiologie
- maladies émergentes
- acides gras
Offre de valorisation
- organismes modèles Corynebacterium glutamicum et Mycobacterium smegmatis
- méthodes de fouille des données
Bases de données et logiciels :
- séquences génomiques de ~3000 organismes procaryotes
- BAGET : séquence et environnement immédiat de n'importe quel gène issu de ces organismes http://archaea.u-psud.fr/Baget_help.html
- FITBAR : prédiction des régulons à l'échelle d'un génome complet http://archaea.u-psud.fr/fitbar/
- ABSYNTE : analyse de la conservation de l'ordre des gènes (synténie) de micro-organismes http://archaea.u-psud.fr/absynte/
- SYNTTAX : analyse de la synténie en fonction de la classification taxonomique des espèces http://archaea.u-psud.fr/synttax/
Exemple(s) de travaux
- protection des plantes par des agents de biocontrôle
- développement de nouvelles méthodes multiparamétriques de typage CRISPR et de détection des mutations de résistance aux antibiotiques sur puces en micro et nanotechnologie optiques ou électrochimiques
- fouille de données et Apprentissage automatisé sur les données CRISPR de Mycobacterium tuberculosis et de Salmonella enterica
Publications
Etablissements de rattachement
Département(s) de recherche
- SDV (Sciences de la vie)