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GENOPOLE / Plate-forme Next Generation Sequencing et Analyses génomiques
Plateforme technologique
La plate-forme NGS et analyses génomiques propose aux équipes de recherche académique des prestations de séquençage à haut débit du génome et/ou du transcriptome ainsi qu'un accompagnement scientifique et technique en proposant des stratégies de séquençage les plus adaptées aux projets. A l'issue du séquençage, les données brutes sont analysées selon les applications puis transférées au responsable du projet. En plus de l'activité de prestation, la plate-forme conduit des programmes de R&D telles que la mise au point de nouvelles techniques de séquençage ainsi que la mise en place d'outils bio-informatiques (bases de données / pipelines d'analyse NGS).
- Mme Margot JARRIGE
- M. Julien PICOT
Thématiques d'innovation
Laboratoire de rattachement
28, rue Henri Desbruères
I-Sem / Bâtiment CYTOPOLIS
91100 CORBEIL-ESSONNES
Technologies utilisées
Séquenceur NextSeq 550 (Illumina)Séquenceur Ion Proton (ThermoFisher)
Automates Ion Chef et Ion OT2/ES (ThermoFisher)
Qiacube (Qiagen) Bioanalyzer (Agilent), QuantStudio 12K et 7K (ThermoFisher)
Robot pipeteur MicroLab STAR (Hamilton Robotics).
Mots clés
- NGS
- RNA-seq
- ARN-codant
- miRNA-seq
- quantification de l'expression de gènes / transcrits
- séquençage de transcriptome
- séquençage d'exome
- séquençage ciblé
- Illumina
- ThermoFisher
Equipements spécifiques
| Nom | Modèle | Marque |
|---|---|---|
| Appareil de diffusion de lumière | Ion OT2/ES/ | ThermoFisher |
| Automate Ion Chef | Ion Chef/ | ThermoFisher |
| Extraction, quantification et contrôle qualité BioAnalyzer | BioAnalyzer/ | Agilent |
| Extraction, quantification et contrôle qualité Qiacube | Qiacube/ | Qiagen |
| Extraction, quantification et contrôle qualité QuantStudio | QuantStudio 12K et 7K/ | ThermoFisher |
| Robot Pipeteur Microlab Star 8 | MicroLab Star 8/ | Hamilton Robotics |
| Séquenceur NGS Ion Proton | Ion Proton/ | ThermoFisher |
| Séquenceur NGS NextSeq 550 | NextSeq 550/ | Illumina |
Offres de prestations
(1) Séquençage de transcriptome :
(1.1) RNA-seq, quantification de l'expression de gènes/transcrits, différentiel d'expression entre conditions et analyse de variants d'épissage
(1.2) ARN codant (Ampliseq TM, 3'RNA-seq), quantification de l'expression des gènes et différentiel d'expression entre conditions
(1.3) miRNA-seq, quantification de l'expression des miRNA et différentiel d'expression entre conditions
(2) Séquençage d'exome : analyse des régions codantes et identification des mutations (SNP / CNV)
(3) Séquençage ciblé : analyse de panels de gènes et identification des mutations (SNP / CNV).
Etablissements de rattachement
Département(s) de recherche
- SDV (Sciences de la vie)