-
Ingénierie des systèmes complexes et logiciels
-
Innovation Sociale - Sociétale - Solidaire
-
Numérique
-
Qualité de vie - Santé - Aliments
GENOPOLE / Plate-forme logicielle de bioinformatique EvryRNA
Plateforme technologique
La plate-forme EvryRNA est une plate-forme logicielle mettant à disposition de la communauté scientifique différents logiciels dédiés aux ARN non-codants pour la prédiction de leurs structures 2D et 3D, la prédiction des structures de complexes d'ARN, la prédiction et la classification d'ARN non-codants, l'identification et la prédiction à grande échelle dans des séquences génomiques d'ARN non-codants, notamment les petits ARN : microARN, piARN, etc. Tous les logiciels disponibles sur la plate-forme EvryRNA ont fait l'objet de publications scientifiques à comité de lecture.
- M. Julien PICOT
- Mme Fariza TAHI
Thématiques d'innovation
- Numérique
- Ingénierie des systèmes complexes et logiciels
- Conception logiciel, big-data, cloud, calculs haute performance
- Modélisation et simulation
- Qualité de vie - Santé - Aliments
- Modélisation numérique, visualisation de donnée, Interaction Homme - Machine
- Innovation Sociale - Sociétale - Solidaire
- Technologies thérapeutiques (Médicaments, génétique, biomarqueurs, biomolécules...)
- Sciences, techniques et savoirs
- Logiciel libre, web
Laboratoire de rattachement
23, boulevard de France
Institut de Biologie Génétique et Bio-informatique (IBGBI), Université d'Evry-Val-d'Essonne
91037 ÉVRY
Technologies utilisées
Méthodes bioinformatiques, algorithmique, optimisation combinatoire, intelligence artificielle, apprentissage automatique, deep learning, développement logiciel, développement web, web servers, big data.Mots clés
- Bioinformatique
- ARN non codants
- structures 2D et 3D d'ARN
- complexes d'ARN
- prédiction de microARN
- prédiction de piARN
- médecine de précision
- logiciels
- serveurs web
- visualisation
- analyse à grande échelle
Equipements spécifiques
| Nom | Modèle | Marque |
|---|---|---|
| BioKoP : logiciel de prédiction de structures secondaires potentielles incluant les pseudonoeuds d'une séquence d'ARN | logiciel développé en interne/ | sans objet |
| IpiRId : logiciel d'approche intégrative pour la prédiction des piARN | logiciel développé en interne/ | sans objet |
| IRSOM : logiciel permettant, à partir d'un ensemble de transcrits, de déterminer ceux correspondant à des ARN codants et ceux correspondant à des ARN non-codants | logiciel développé en interne/ | sans objet |
| Microscopie Biphotonique | logiciel développé en interne/ | sans objet |
| miRBoost : logiciel de classification de séquences en vrais ou faux pré-miARN | logiciel développé en interne/ | sans objet |
| ncRNAclassifier : logiciel de détermination d'un ARN non-codant dérivé d'un élément transposable ou d'un ARN non-codant mal annoté | logiciel développé en interne/ | sans objet |
| P-DCFold : logiciel de prédiction de structures secondaires d'ARN incluant les pseudonoeuds | logiciel développé en interne/ | sans objet |
| piRPred : logiciel de prédiction de piARN | logiciel développé en interne/ | sans objet |
| SSCA : logiciel de sélection des séquences homologues les plus informatives pour la prédiction de structures secondaires d'ARN par l'approche comparative | logiciel développé en interne/ | sans objet |
| Tfold : logiciel de prédiction de structures secondaires incluant les pseudonoeuds (intégration de SSCA et P-DCFold) | logiciel développé en interne/ | sans objet |
Département(s) de recherche
- SDV (Sciences de la vie)