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IPS2 / Plateforme de transcriptOmique (POPS)
Plateforme technologique
La Plateforme transcriptOmique de l'IPS2 (POPS) propose aux laboratoires académiques ou privés des outils d'analyse du transcriptome par séquençage à haut débit de l'ARN ou RNA-seq. Nous sommes spécialisés dans l'analyse des plantes qu'elles soient modèles ou de culture. Le service proposé inclue la génération des données de RNA-seq, les analyses bio-informatiques et statistiques ainsi que des conseils sur l'interprétation des résultats. Nous accompagnons donc nos collaborateurs depuis le design expérimental jusqu'à l'interprétation des données. La plateforme est certifiée pour l'ensemble de ses activités selon les exigences de la norme ISO 9001 depuis 2012.
Afin d'offrir à chaque collaborateur l'analyse la plus adaptée à ses questions biologiques, nous disposons des équipements et des outils d'analyses bio-informatiques et statistiques permettant la construction de transcriptome de novo, l'analyse d'accumulation des ARNs poly-adenylés ou non, des petits ARNs (miRNAs, siRNAs, ribo-seq..) et des ARN poly-adénylés de de très petite quantité de départ (jusqu'à 50pg). Pour les analyses d'expression tissu-spécifiques, nous offrons également des analyses de transcriptome après micro-dissection laser ou en cellule unique grâce à la technologie Chromium (10x Genomics).
Par ailleurs, nous pouvons offrir à nos collaborateurs de sessions de formation sur une semaine à l'analyse statistique des données RNA-seq.
Thématiques d'innovation
Laboratoire de rattachement
Rue Noetzlin
IPS2, plateau du Moulon (bât 630)
91405 GIF-SUR-YVETTE
Technologies utilisées
- analyse transcriptomique orientée des ARN polyAdenylés (le brin codant)- analyse non orientée des ARN polyAdenylés
- analyse des petits ARN : miRNA, siRNA ?
- analyse orientée des ARN non polyAdenylé (déplétion)
- microtranscriptomique ou séquençage de très faible quantité d'ARN (à partir de 75pg d'ARN total)
- métatranscriptomique ou séquençage du transcriptome de plusieurs espèces à partir d'un même échantillon
- empreintes
- cellule unique via le Chromium, 10X Genomics
- long reads via le MinION, Oxford Nanopore
- analyses bioinformatiques et statistiques des données générées
Mots clés
- RNAseq
- transcriptomique
- plante
- mRNAseq
- SingleCell
- long reads
- microtranscriptomique
- empreintes
- footprinting
- smallRNAseq
- petits ARN
- séquençage ARN
- NextSeq500
- Chromium
- MinION
- POPS.
Equipements spécifiques
| Nom | Modèle | Marque |
|---|---|---|
| Séquenceur NextSeq 500 | NextSeq500/ | ILLUMINA |
| Accès aux séquenceurs du CNS Genomics Institute | HiSeq 4000/ | Illumina |
| Analyses de transcriptome single cell | Chromium/ | 10x Genomics |
| Automate construction bibliothèque ARN-seq | Biomek FX/ | Beckman Coulter |
| Fermenteur pilote de 20 litres | CLARIOstar/ | BMG Labtech |
| Séquenceur MinION | MinION/ | Oxford Naopore |
| Ultrasonicateur focalisé | M220 AFA/ | Covaris |
Offres de prestations
Séquençage orienté des ARN polyAdenylés (le brin codant)
Séquençage non orienté des ARN polyAdenylés
Séquençage des petits ARN : miRNA, siRNA ?
Séquençage de longs fragments (projets collaboratifs)
Séquençage orienté des ARN non polyAdenylé (déplétion)
Microtranscriptomique ou séquençage de très faible quantité d'ARN (à partir de 75pg d'ARN total)
Empreintes
Cellule unique (Chromium 10xGenomics)
Protocoles personnalisables en fonction de besoins spécifiques.
Options de séquençage
Séquenceur NextSeq 500, Illumina
Séquenceur MinION, Oxford Nanopore
Accès aux séquenceurs HiSeq et NovaSeq, Illumina (CEA-CNS, Evry)
Single Read ou Paired-End
Longueurs de séquençage : 75, 100, 150 bases
Analyses bioinformatiques et statistiques
Mapping
Analyse différentielle de gènes
Analyse statistique pour les designs expérimentaux complexes
Assemblage de novo
Traitement des smallRNA
Autres analyses possibles en collaboration avec l'équipe Réseaux Génomiques.
Offres de formations
Possibilités de formation pour la réalisation de votre projet d'analyse du transcriptome (de la réception des ARN aux analyses bioinformatiques et statistiques).
Département(s) de recherche
- SDV (Sciences de la vie)
Liens PIA
- LabEx Sciences des Plantes de Saclay (SPS)
Certifications
- ISO 9001:2015
Labellisations
- IBISA