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Qualité de vie - Santé - Aliments
I2BC / Plateforme de mesures d'Interactions Macromoléculaires (PIM)
Plateforme technologique
La Plateforme de mesures d'Interactions Macromoléculaires (PIM) de l'I2BC offre un large éventail d'équipements et d'expertises en biochimie et biophysique pour réaliser des mesures de contrôles qualités ainsi que des analyses fonctionnelles d'échantillons de protéines : microcalorimétrie (ITC : Isothermal Titration Calorimetry et DSC : Differential Scanning Calorimetry), ultracentrifugation analytique (UCA), MST (Microscale Thermophoresis), SEC-RALS-LALS, BLI (Biolayer Interferometry), switchSENSE et plus récemment FIDA (Flow Induced Dispersion Analysis).
Les prestations offertes par la plateforme concernent : 1) La caractérisation biophysique de protéines ou de complexes biologiques (SEC-RALS-LALS, UCA et FIDA) - 2) L'analyse d'interactions biologiques (ITC, BLI, switchSENSE, MST et FIDA) - 3) L'analyse de la stabilité des macromolécules et des complexes biologiques pour notamment aider à la formulation (DSC, DSF et TSA).
Les appareils et prestations sont mis à disposition de l'ensemble des laboratoires de l'Université Paris-Saclay, des autres laboratoires académiques ainsi qu'aux industriels.
Pour plus d'informations concernant ces prestations : plateforme-pim@i2bc.paris-saclay.fr.
Cette plateforme fait partie du pôle des plateformes de Biologie Structurale de l'I2BC qui comprend : i) les plateformes de Cristallisation, RMN, CryoEM, Mesures d'Interactions Macromoléculaires, alphaRep, et ii) les plateaux techniques d'Expression de protéines solubles ou membranaires en levures, Expression des protéines en cellules d'insectes.
- Mme Magali AUMONT-NICAISE
- Mme Stéphanie MARSIN
- Mme Magali NOIRAY
- M. Stéphane PLANCQUEEL
Thématiques d'innovation
Laboratoire de rattachement
I2BC - UMR9198 avenue de la terrasse Bâtiment 24
91190 Gif sur yvette
Technologies utilisées
1) La caractérisation biophysique de protéines ou de complexes biologiques :
- SEC-RALS-LALS (OMNISEC - Malvern) : détermination de la masse molaire et de la stoechiométrie de complexes protéiques, protéine/détergent, protéine/acide nucléique, protéine/glycosylation.
- FIDA (Fida Biosystems) : La technologie FIDA utilise la détection de fluorescence des systèmes dispersés en diffusion de Taylor (TDA) dans des capillaires. La mesure des coefficients de diffusion des espèces en solution à partir des taylorgrammes permet de calculer la taille des biomolécules, en déterminant avec précision leur rayon hydrodynamique (Rh). Il est alors possible de caractériser les interactions biomoléculaires en fonction de la taille des complexes formés.
- UCA, Optima XL-I et Détecteur de fluorescence (Beckman) : détermination de paramètres biophysiques (coefficient de sédimentation, masse molaire), de constantes de dissociation (pour des Kd compris entre le pM et le mM), de la stoechiométrie et du taux d'agrégation.
2) L'analyse d'interactions biologiques :
- PEAQ-ITC ; ITC200 et VP-ITC (Malvern) : mesures d'interactions protéine-protéine, protéine-ADN, protéine-ligand permettant de déterminer les paramètres liés à l'interaction (stoechiométrie, KD, deltaH).
- BLI (Octet Red96 – Sartorius) : Le BLI (Bio Layer Interferometry) est une technique optique permettant de mesurer les interactions macromoléculaires en analysant les interférences de la lumière blanche réfléchie à la surface d'un biocapteur sur lequel l’un des partenaires est immobilisé. Les expériences BLI permettent de déterminer les paramètres cinétiques de l’interaction (Kon et Koff) et l'affinité (KD).
- HeliX (Dynamic Biosensors) : technologie switchSENSE® basée sur des nanoleviers d'ADN, actionnables électriquement pour osciller à hautes fréquences. Mesures d'interactions entre molécules (protéine/ADN, protéine/protéine) permettant de déterminer les paramètres cinétiques de l'interaction (Kon et Koff) et de calculer le KD. Mesures de la taille/conformation (DH) d'une protéine ou d'un complexe macromoléculaire.
- MST Monolith NT.115 (NanoTemper) : mesures d'interaction fournissant des informations sur les constantes d'affinité (KD), avec de faibles quantités d'échantillon, pour une gamme d'affinités comprise entre le nM et le mM. L’un des partenaires doit être marqué avec un fluorophore (type Alexa488).
3) L'analyse de la stabilité des macromolécules et des complexes biologiques, dont aide à la formulation :
- Auto PEAQ DSC et VP-DSC (Malvern) : mesures de la stabilité de protéines, de complexes protéiques, aide à la formulation. Technique permettant de déterminer les différents paramètres thermodynamiques (Tonset, Tm, deltaHcal, deltaHvh).
- TSA (Applied Biosystem) : détermination de la dénaturation thermique des protéines par la mesure de variation de fluorescence du SYPRO orange.
- DSF : Tycho NT.6 (Nanotemper) : utilisé en contrôle qualité des protéines : détermination de la dénaturation thermique des protéines suivie par la variation de fluorescence intrinsèque (tryptophane et tyrosine).
Mots clés
Equipements spécifiques
| Nom | Modèle | Marque |
|---|---|---|
| Chromatographie phase liquide SEC-MALS (détecteur) | miniDAWN TREOS et T-rEX | Wyatt Technology |
| Chromatographie phase liquide SEC-MALS (HPLC) | HPLC | Shimadzu |
| Contrôle Qualité des protéines (Tycho) | Tycho NT.6 | NanoTemper |
| Microcalorimètre à balayage (DSC) | auto PEAQ DSC et VP-DSC | MicroCal (Malvern) |
| Microcalorimètre isotherme (ITC) | VP-ITC, ITC200 et PEAQ ITC | MicroCal (Malvern) |
| Microscale Thermophoresis | Monolith NT.115 | NanoTemper Technologies |
| Switch SENSE | DRX2 | Dynamic Biosensors |
| Thermal shift assay | StepOne plus | Applied Biosystems |
| UHPLC-Orbitrap Fusion | Optima ProteomeLab | Beckman |
Offres de formations
Département(s) de recherche
- SDV (Sciences de la vie)