I2BC / Plateforme de cristallographie

La cristallographie des protéines est l’approche principale pour caractériser la structure 3D de protéines liées à des candidats médicaments et pour déterminer les bases moléculaires de complexes entre les protéines solubles ou membranaires et leur partenaire (ADN, ARN, autre protéines, peptides, lipides, co-facteurs, ligands divers dont métaux). Initialement, la plateforme de cristallisation permettait de réaliser le criblage, l'analyse et l'optimisation automatisés des conditions de cristallisation des macromolécules solubles et membranaires. Dorénavant, la plateforme de cristallographie propose des prestations jusqu’à la détermination et/ou l’analyse de la structure des protéines. Les étapes successives à réaliser à partir d’un échantillon de protéine d’intérêt purifié sont l’obtention des cristaux, l’enregistrement des clichés de diffraction au Synchrotron Soleil, le calcul des cartes de densité électronique, l’affinement du modèle atomique de la protéine ou du complexe d’intérêt et son analyse structurale. L'accent est mis sur l'obtention de modèles les plus précis pour l'analyse structurale la plus fructueuse. Un service AlphaFold avec l'analyse des modèles prédits est aussi disponible.
La plateforme est équipée de plusieurs robots de pipetage de nanovolume (y compris la phase cubique lipidique pour les protéines membranaires) et de visualisation, qui permettent de cribler à grande échelle les conditions de cristallisation à deux températures (4°C et 19°C). Les étapes de routine en amont d’un cristal de protéine sont l’obtention d’un gène d’intérêt synthétique optimisé pour une expression dans des hôtes procaryotes, l’expression et la purification de la protéine recombinante étudiée. La plateforme peut conseiller les clients sur ces différentes étapes et une collaboration/prestation peut être envisagée suivant la complexité du projet.
Cette plateforme fait partie du pôle des plateformes de Biologie Structurale de l’I2BC qui comprend six plateformes: l’expression de protéines dans des hôtes eucaryotes (Prot-Ex), la cryo-microscopie électronique (cryoEM), la cristallographie, la résonance magnétique nucléaire (RMN), l’interactions macromoléculaires (PIM) et AlphaRep. Chaque plateforme offre un éventail complet de méthodes pour les études biochimiques, biophysiques et structurales au niveau moléculaire. Chacune bénéficie de l'expertise de scientifiques et d'ingénieurs qui conseillent, soutiennent et forment à l'utilisation d'instruments de pointe et à l'analyse des données. Le pôle de biologie structurale travaille en étroite collaboration avec le synchrotron SOLEIL, situé à proximité. La plateforme de cristallographie fait également partie de l'infrastructure nationale en Biologie Structurale FRISBI (Frisbi.eu).

• Mme Solange MORERA