• Ingénierie des systèmes complexes et logiciels
  • Qualité de vie - Santé - Aliments

France Génomique (FG)

Unité de recherche UMS 3628

Description

France Génomique est une infrastructure qui rassemble les principales plateformes françaises de génomique et de bio-informatique (https://www.france-genomique.org/). Parmi elles, le Genoscope, CNRGH et PSI2BC sont dans le périmètre de l'Université Paris-Saclay. Son objectif principal est de maintenir la France au plus haut niveau de compétitivité et de performance dans la production et l’analyse des données de génomique. France Génomique a pour mission de fournir à la communauté scientifique (recherche publique ou industrielle) une expertise en séquençage haut débit du génome et en analyse des données à la pointe de l’état de l’art. Cette compétence mutualisée facilite l’entreprise de projets de recherche ambitieux aussi bien à l’échelle nationale qu’internationale.

Contacts

  • M. Patrick WINCKER

Thématiques d'innovation

Plan et accès

2, rue Gaston Crémieux
91000 ÉVRY-COURCOURONNES

Nos domaines de recherche

Expertises

Génome entier :
• Séquençage à « courtes lectures » en paire
• Séquençage à « longues lectures SMRT »
• Séquençage à « longues lectures ONT »
• Séquençage à « longues lectures synthétiques »

Génome ciblé :
• Targeted (custom et exome)
• RAD-Seq

Transcriptome :
• Courte lecture
• Longue lecture ONT
• Ribo Seq
• Spatial

Regulome :
• Séquençage des petits ARN
• TSS seq
• ATAC seq
• FAIRE seq
• MNase seq
• DNase-seq
• 3C, 4C et 5C-seq
• HiC-seq
• CHIP seq
• CLIP seq
• CUT & RUN
• MeDIP
• BiSeq
• Methyl seq
• EM-seq

Métagénomique :
• Métagénomique sur amplicon ciblé
• Métagénomique shotgun

Métatranscriptomique

Cellule unique :
• scDNA-seq
• Transcriptome

Genotypage

Secteurs d'applications

  • Agriculture
  • Santé / Bien-être
  • Biotechnologies

Equipements ouverts à la collaboration

Séquenceurs mis à disposition (prestations « ready to load »)

Mots clés

Nos résultats

Types d'offres

  • Conseil, expertise, formation
  • Recherche et développement

Exemple(s) de travaux

Les projets financés par France Génomique peuvent être consultés sur le site https://www.france-genomique.org/les-grands-projets-finances/

• Tara-Pacific : Complexité génomique des espèces hôtes des massif corallien dans le Pacifique.
• BUCEPHALE : Reconstituer l'histoire de l'élevage des chevaux et son impact sur le génome, l'épigénome et le microbiome du cheval.
• YeastG : L'étude de 1002 génomes de levure.
• IRIGIN : Initiative internationale sur le génome du riz.
• HeHCC: Décryptage de l'interaction entre le génome et le microenvironnement dans les cellules cancéreuses du foie .
• Myocapture : Identifier de nouveaux gènes mutés chez des patients atteints de myopathies et ne bénéficiant pas d'un diagnostic génétique en séquençant l'exome (les gènes) de 1000 individus issus de familles présentant différentes formes de myopathies.
• The French Exome Project: la constitution d'une base de données spécifique contenant les données de l'exome d'un panel témoin de référence d'individus d'ascendance française.
• HEMASEQ : La génomique des hémopathies malignes.
• GOLDogs : L'étude génétique de plusieurs races de chien pour comprendre l'effet du génome sur la longévité.
• Le French Gut: l'étude du microbiote chez les Français
• ERGA: Etablir un atlas de la biodiversité européen et déterminer leur génome.
• CHIKGENE : L'étude génétique sur des patients atteints d'effets à long terme de la maladie du Chikungunya à la Réunion.

Publications

Relations industrielles et scientifiques

Collaborations scientifiques

ERGA (European Refence Genome Atlas)
The International Human Cell Atlas initiative
Global Alliance for Genomics and Health

Écosystème

Etablissements de rattachement

INSERM
CNRS
CEA
INRAE

Département(s) de recherche

  • SDV (Sciences de la vie)
  • STIC (Sciences et technologie de l'information et de la communication)