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Ingénierie des systèmes complexes et logiciels
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Qualité de vie - Santé - Aliments
France Génomique (FG)
Unité de recherche UMS 3628
France Génomique est une infrastructure qui rassemble les principales plateformes françaises de génomique et de bio-informatique (https://www.france-genomique.org/). Parmi elles, le Genoscope, CNRGH et I2BC sont dans le périmètre de Paris-Saclay. Son objectif principal est de maintenir la France au plus haut niveau de compétitivité et de performance dans la production et l’analyse des données de génomique. France Génomique a pour mission de fournir à la communauté scientifique (recherche publique ou industrielle) une expertise en séquençage haut débit et en analyse des données à la pointe de l’état de l’art. Cette compétence mutualisée facilite l’entreprise de projets ambitieux aussi bien à l’échelle nationale qu’internationale.
Thématiques d'innovation
2, rue Gaston Crémieux
91000 ÉVRY-COURCOURONNES
Expertises
• Séquençage à « courtes lectures » en paire
• Séquençage à « longues lectures SMRT »
• Séquençage à « longues lectures ONT »
• Séquençage à « longues lectures synthétiques »
Génome ciblé :
• Targeted (custom et exome)
• RAD-Seq
Transcriptome :
• Courte lecture
• Longue lecture ONT
• Ribo Seq
• Spatial
Regulome :
• Séquençage des petits ARN
• TSS seq
• ATAC seq
• FAIRE seq
• MNase seq
• DNase-seq
• 3C, 4C et 5C-seq
• HiC-seq
• CHIP seq
• CLIP seq
• CUT & RUN
• MeDIP
• BiSeq
• Methyl seq
• EM-seq
Métagénomique :
• Métagénomique sur amplicon ciblé
• Métagénomique shotgun
Métatranscriptomique
Cellule unique :
• scDNA-seq
• Transcriptome
Genotypage
Secteurs d'applications
- Agriculture
- Santé / Bien-être
- Biotechnologies
Equipements ouverts à la collaboration
Mots clés
Types d'offres
- Conseil, expertise, formation
- Recherche et développement
Exemple(s) de travaux
• Tara-Pacific : Complexité génomique de l'holobionte corallien à travers les gradients de biodiversité dans le Pacifique.
• BUCEPHALE : Reconstituer l'histoire de l'élevage des chevaux et son impact sur le génome, l'épigénome et le microbiome du cheval.
• YeastG : 1002 génomes de levure.
• IRIGIN : Initiative internationale sur le génome du riz.
• HeHCC: Décryptage de l'interaction hétérogène entre le génome et le microenvironnement dans les carcinomes hépatocellulaires.
• Myocapture : Identifier de nouveaux gènes mutés chez des patients atteints de myopathies et ne bénéficiant pas d'un diagnostic génétique en séquençant l'exome de 1000 individus issus de familles présentant différentes formes de myopathies.
• The French Exome Project: la constitution d'une base de données spécifique contenant les données de l'exome d'un panel témoin de référence d'individus d'ascendance française.
• HEMASEQ : La génomique des hémopathies malignes.
Publications
Relations industrielles et scientifiques
Collaborations scientifiques
Global Alliance for Genomics and Health
Etablissements de rattachement
Département(s) de recherche
- SDV (Sciences de la vie)
- STIC (Sciences et technologie de l'information et de la communication)