IPS2 / Plateforme de transcriptOmique (POPS)

La Plateforme transcriptOmique de Paris Saclay, POPS, localisée à Gif sur Yvette (91), a été créée en 2003 et a pour mission principale de proposer un panel de prestations techniques et bio-informatiques pour l’analyse du transcriptome des plantes. C'est le « service intégré à façon ». POPS permet à une communauté scientifique publique ou privée de répondre à des questions biologiques grâce au séquençage à haut débit des ARNs couramment nommé le RNA-Seq. Nous réalisons des projets d’étude en collaboration avec des équipes de recherche nationales et internationales. Nous avons fait le choix de nous spécialiser exclusivement sur les végétaux afin d’avoir une expertise forte et de conseiller au mieux nos collaborateurs sur leurs projets. A ce jour, nous avons travaillé sur plus de 93 espèces différentes. Le service proposé inclue la génération des données de RNA-seq, les analyses bio-informatiques et statistiques ainsi que des conseils sur l'interprétation des résultats. Nous accompagnons donc nos collaborateurs depuis le design expérimental jusqu'à l'interprétation des données.

Les différentes étapes pour mener un projet sont les suivantes :
- Discussion du design expérimental et choix de la technologie la plus adaptée,
- Broyage des échantillons*,
- Extractions des ARNs*,
- Contrôle qualitatif et la quantitatif des ARNs,
- Construction des banques,
- Contrôle qualitatif et quantitatif des banques,
- Séquençage,
- Analyse des données*,
- Interprétations des résultats*,
- Prises en charge de la soumission dans les bases de données*.
*Ces étapes peuvent être prises en charge par les collaborateurs.

Les applications proposées :
• Séquençage orienté des ARN polyAdenylés ou non
• Séquençage des petits ARN : miRNA, siRNA …
• Séquençage de longs fragments (projets collaboratifs)
• Microtranscriptomique ou séquençage de très faible quantité d’ARN (à partir de 75pg d’ARN total).
• Métatranscriptomique ou séquençage du transcriptome de plusieurs espèces à partir d’un même échantillon.
• Empreintes
• Cellule unique (10X, Rhapsody, ScaleBiosciences)
• Criblage transcriptomique à grande échelle (BRB-Seq)
N’hésitez pas à nous contacter pour des protocoles personnalisables en fonction de besoins spécifiques : pops.ips2@universite-paris-sacaly.fr

Notre champ d’application implique de rester à la pointe de la technologie dans le domaine du séquençage et de l’analyse des données afin de proposer des protocoles techniques et des analyses bioinformatiques les plus pertinents et intéressants tant sur le plan biologique que financier, notre seconde mission est le « développement ».

Enfin transmettre le savoir acquis grâce à la communauté est important. La plateforme dispense des formations, participe à des enseignements, coorganise les « journées omiques végétales » et accueille des stagiaires. C’est un aspect essentiel nommé « Formation & animation scientifique ».

La plateforme est certifiée pour l'ensemble de ses activités selon les exigences de la norme ISO 9001 depuis 2012.

• M. Etienne DELANNOY